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天渐渐黑下来，天上又是满天星斗。双屿港的人们担心着明军来攻打，把双屿港三千多人集中起来，将五十座佛朗机炮抬上五十艘大型战船，在高赠乌鲁美他郎、费信善妙法师、门多郎次郎、日向彦太郎、沙剌歹剌、田川松、许栋、何亚八、平托、失刺沙也门、严山佬、徐海、李光头等倭寇头领的率领下，乘着一百多艘大小战船连夜驶出双屿港，向着北部的松门屿方向航行。
令双屿港的倭寇想不到的是，就在倭寇船队刚刚进入北港水道，突然响起轰隆隆的炮声，紧接着，密集的炮弹在倭寇的战船上爆炸。倭寇的佛朗机炮还来不及还击，许多战船已经被击伤或者是被击沉。
倭寇乱了阵脚，一百多艘战船被打得七零八落，倭寇胡乱驾船四处逃命，明军从四面八方压过来。倭寇看到前面已经无路可逃，一部分人向双屿港撤退，企图凭着双屿港的有利地形负隅顽抗。但是明军不给倭寇任何机会，一部分倭寇刚刚退到双屿港，还来不及关闭闸门，福建备倭指挥刘恩至已经率领人马攻入双屿港。这刘恩至乃是去年的武状元，个人武艺可以说是整个大明天下的第一高手。作为武状元，必须十八般武艺都要娴熟到炉火纯青的境界，才能够战胜数以百计的当代武林高手。不过刘恩至最善于大刀。刘恩至少年时代就崇拜三国第一英雄关云长，由于关云长使用的兵器是八十二斤的青龙偃月刀，所以刘恩至从小就喜欢舞大刀，决心长大后也像关云长那样，凭着一把大刀打遍天下无敌手。在后来的武术训练中，刘恩至就把大刀作为主要兵器。刘恩至凭着一把一百零八斤的大刀曾经征服过数以千计的武林高手，去年又凭着这把大刀摘取了大明武状元的桂冠。今年被派到闽浙抗倭前线担任福建备倭指挥，刘恩至决心用这把大刀让倭寇胆寒，现在机会来了，刘恩至挥舞大刀杀向敌阵，只见刘恩至大刀所到之处寒光闪闪，如砍瓜切菜，倭寇哪里敌得住？顷刻间已经有数十倭寇作了刘恩至的刀下鬼。刘恩至继续在拼命砍杀。属下官兵看到刘恩至如此英勇，且武功如此高强，大为振奋，一齐奋力砍杀，可怜这一班倭寇，尤其是日本的武士和浪人，自以为武术高强，平日在中国沿海的善良百姓面前凶神恶煞般的凶恶残忍，犯下滔天罪行，今日遇上强手，他们才知道他们那几斤或十多斤重的武士刀没有多大用处，只能作演戏的道具使用，根本抵不住大明将领的战刀。此时众倭寇看到刘恩至如入无人之境的英勇，早已吓得魂魄飞散，只恨两条腿太不争气，想逃跑但是腿脚不听使唤，被刘恩至与众属下官兵一阵猛砍猛杀，双屿港已经是血流成渠，尸体堆积如山。
经过五个多小时的恶战，南北水道战船的鏖战已经结束，朱纨与卢铛已经走出雄狮号和猛虎号大型福船进入双屿港。明军清理作战成绩，受伤后被活捉的倭寇头领有稽天破、李光头、许六、姚大及双屿港经营人顾良玉、祝良贵、刘奇十四等。被打死杀死的倭寇一共一千二百多人。烧毁倭寇大小战船七十七艘，其中大型战船四十二艘，中小型战船三十五艘。缴获的船只包括长十丈、宽二丈七尺、高深二丈二尺的大型船只一艘；长九丈、宽二丈四尺、高深一丈七尺的大船一艘；长七丈、宽一丈三尺、高深二丈一尺的中型船只一艘；草撇船一只，长五丈、阔一丈四尺；缴获的武器装备有大型佛朗机大铜铳二门，每门重一千三百余斤，中号铜铁铳十架，每架约重二百斤，脚铳一十二筒，铜铁琐子甲二副，铁浑甲三副，紵丝表铁甲一领，铁盔四顶，黄漆台一张，枪刀牌箭一百六十四件。铜铳三个，重八十四斤。铁铳一个，重二十一斤。连铳二个，重一百四十六斤。铁栓五条。番弓七张。番箭十八枝。铁箭十九枝。大小铅弹十八个。火药斗一个。火药五十斤。铅子五十个。番帽三顶。藤牌二十六面。砍刀四把。飞枪一十七根。大小倭刀十四把。大小长枪三十五根。番鼓二面。皮鼓三面。铜锣一面。青暇旗一面。旗牌一面。藤盔一顶。在双屿港和倭寇战船上搜出的金锭、胡椒、檀香、丁香及其他货物，总价值达两百万金。
双屿港，这个倭寇的最大窝点被端掉了。朱纨似乎松了一口气，但是朱纨立刻想到了一个新问题：怎么样来处理双屿港呢？朱纨曾经想过把倭寇赶跑以后，把双屿港建设成一个明军水寨，用以驻扎军队，设立海防机关。如果这样当然是好的，对外可以防止倭寇以此出作为窝点，对内可以作为温州的东部屏障。但是通过与众将领商议，将领们提出了许多不同意见，将领们认为，双屿港四面都是大洋，形势孤立，难以作为军事据点驻守，不如把它毁了。朱纨想也有道理，于是命令将双屿港港口的通航水道用石头填塞了。双屿港南北有六横岛和佛都岛，两个小岛上多石头，明军派出两千多名官兵，将六横岛和佛都岛上的石头用战船装运到双屿港，将双屿港南北水道填塞了。从此，双屿港成为史书上记载的商贸港口，而真实的双屿港已经变成了“死港”。
朱纨处理了双屿港的后事，得到消息说，双屿港幸存的倭寇已经逃跑到南麂和大担屿等处。朱纨命令卢铛等将领水师向着南麂和大担屿等处海域追赶，务必全歼在逃倭寇。
前面已经说到，在明军攻打双屿港的前两天，日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、织田信义和中国的王直等人带着六百名以日本人为主的队伍去了永宁，企图在永宁大捞一把。虽然由于日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎等人带走了六百人，使倭寇在双屿港的军事实力大为减弱，对明军攻打双屿港很有利，但是由于永宁的卫所官兵都被调出投入在海上拦截从双屿港逃出的倭寇，导致永宁几乎成为一座空城。当六百名倭寇杀入永宁城中，永宁的老百姓遭殃了。
却说永宁城内有一排水入海的渠道名叫“水关沟”，沟长一百七十丈，宽六尺，深七尺，水沟上面用石板覆盖。倭寇攻入城内后，在城内大肆烧杀抢掠。处于对老百姓的报复，倭寇在永宁城中见人就杀。老百姓无处躲藏，想起那排水沟在隐蔽处，都纷纷钻入排水沟躲藏，想不到排水沟被倭寇发现，于是杀红了眼的倭寇揭开覆在排水沟上面的木板，见人就砍，数万躲在沟内的居民全部被杀死，永宁城中尸积如山，血流成河。这是永宁历史上最大的惨剧。
倭寇在永宁城中大肆烧杀抢掠之后，带着大捞了一把的满足离开了永宁。他们准备回到双屿港后大吹大擂一番，想不到在回来的路上碰到了从双屿港逃出的人，告诉他们双屿港已经被明军毁灭了，双屿港的弟兄死了一千多人，现在已经无法再回双屿港了。于是六百名倭寇驾船向着女儿礁方向行驶。
虽然朱纨捣毁了双屿港，但是朱纨这时候也开始感到了一种无形的压力，这么大的一次针对倭寇的军事行动，闽浙地方的卫所为什么没有多大反响呢？即没有对双屿港的被捣毁表示称赞，也没有积极响应的态度。作为担任警戒海防的温州当地卫所，一部分卫所官员甚至对双屿港战事迟迟不予报告，还有相当一部分温州卫所官员和担任着海防重任的官员甚至对双屿港战事隐瞒不报，这些现象都反映出严重的问题。更为严重的是，一些地方官甚至散步流言蜚语，恫赫支持攻打双屿港的官员。
对这些严重的问题，朱纨对有关当事人提出了严厉的批评。朱纨针对这些情况，下达了严厉的命令：
“即今海上用兵，申严号令，尚尔玩违无忌，平时交通，纵肆不问，可知合就查究，如再隐蔽迟延，即以违误军机论，以军法绝不轻恕。”
在朱纨严厉的督责下，温州的军政长官们的态度略有转变。
双屿港虽然被端掉，但是倭寇仍然非常猖獗，一系列的报告不断打到朱纨的官邸：
“据被获贼徒陈瑞言称，贼船具是小琉球国开洋而来，不知双屿港已经被官军攻破，今已经去下八山躲泊。”
“五月初五日，磐石卫宁村所捕获双桅草撇贼船一只，斩首级一颗，生擒贼犯王交、雷御等一十三名。”
“永嘉县民徐魁、吴合等自福建收买大木，雇船装至福宁州石澳洋，被贼船四十余只劫掠，夺取木船四十一只，烧毁一只，打破三只。这种海盗横行的现状，严重影响到正常的海上贸易。”
“十九日，温州府通判黄必显在永嘉县龙湾捕获出海的接济犯人杨换等六人，并夺取私船一只。”
“二十一日，馆头巡检司获有贼船放回上岸一人，系温州府差押大木船民沈济，于洋屿门洋被掳放回，此人带有贼票三张，僭称高元帅海道林副使名，素要赎银，并言称大小门有贼船二十余只栖泊于此，于官军只发生零星战斗。”
“有贼船分别泊于南麂、礁门、青山、下八诸岛，而南麂等岛屿有大贼船十六只在女儿礁、洞门和青岆门等处流动停泊。”
经朱纨统计，在双屿港被捣毁后的近两个月里，倭寇的走私船只还不断来到温州府附近海域，总次数已经达到一千二百九十四艘之多，其中除了极少数被击沉或者被烧毁外，绝大部分都还停留在温州沿海岛屿。朱纨感到倭患仍然还非常严重。于是朱纨于嘉靖二十七年五月提出上疏，提出“比照两广事体，由一人兼理两广巡抚，抚臣驻扎温州。”
直到六月二十日朱纨才得到一个好消息：卢镗与金山卫指挥吴川追击败残倭寇到达南麂岛的女儿礁、洞门礁、青岙等地，六月二十日，卢铛与金乡卫指挥吴川在追击倭寇战船中，倭寇一艘大型战船撞礁沉没，战船上的倭寇全部落水，明军战船围住贼船，将数十名落水者救出，经俘虏指认，倭寇中有倭寇主要头领许栋和许杜武二人。
朱纨得到这个消息非常高兴，尽管倭寇继续在四处活动，但是由于倭寇的多位头领相继被活捉，对倭寇的震慑一定不小。朱纨命令卢铛和吴川继续向南麂和磐石卫诸岛的倭寇进行穷追猛打。