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傀儡系统带来的那种强烈的冲动，碇真嗣现在能够清晰的感觉到，那不只是单纯的疯狂，其中还有相当部分的早就设定好的程序在其中，那其中就包括了主动破坏三号机内部的插入栓。
即便是现在，他将两个插入栓平稳的放在地上后，初号机依旧有着上前将插入栓破坏的冲动，而且越来越强烈。
只不过傀儡系统在碇真嗣面前已经不够看了，在他强大的自我意志面前，傀儡系统再怎么怂恿他，再怎么尝试接管初号机都无法做到。
就好像是被一只手按住的小老鼠一样，再怎么挣扎也无法逃走分毫。
碇源堂通过监控屏幕看到这一幕，一双手遮住了自己的半张脸，以掩饰自己的表情变化，眼前这一幕，彻底出乎了他的预料。
他本想要提前开启人类补完，并且以自己为主导，人类补完和创造神明的冲击或多或少还有一些区别，第三次冲击一般情况下，存在两种可能，一种是使徒和亚当结合，另一种是生命果实与智慧果实相互融合，加一个s2机关。
而人类补完计划需要的则是初号机的驾驶员精神崩溃加上s2机关的辅助，如果按照原计划进行的话，还需要朗基努斯之枪。
而现在计划似乎出现了很大的问题，人类补完计划这边，初号机驾驶员的精神崩溃完全无法达成，碇真嗣不知道发生了什么？在这一次轮回之中变得不可思议的坚强，而且自身的各项素质也变得极其强大，甚至已经逐渐调查清楚了关于使徒的全部秘密。
现在双方几乎是站在一个对等的位置上了，当碇源堂看到初号机转过身，面向基地总部的大金字塔的时候，就认识到了这一点。
已初号机，现在还剩下的电量，足以将整个总部毁灭。特别是现在的初号机，在眼前超强的驾驶员的驾驶下，可以轻而易举的将at力场外放，像使徒一样释放出毁灭性的范围攻击。
虽然还只剩下三分钟时间，但毁掉基地绰绰有余了，而碇真嗣所做的还不止如此。
轻轻的将两个插入栓放在地上之后，他便操控着初号机，冰冷的看了一眼大金字塔，却并没有直接爆发出来，而是一步步走向了倒下的三号机，双手覆盖上at力场，随后猛的插入了3号机的胸膛，在插入栓被取出后，就不需要担心感官共享的问题了。
而这时候三号机面对初号机，根本就一点抵抗能力都没有，但初号机却并没有趁着这个机会彻底毁掉使徒的核心，而是用自己的高震动粒子切割匕首，切开了使徒的胸膛，从里面掏出了一颗红色的球体，那正是s2核心。
碇真嗣这些天来已经通过自己的调查，了解了一部分死海文书的内容，更了解了s2机关可以给他提供无限能源。所以这一次果断的没有将使徒的核心破坏，而是将它完整的挖了出来。
耳边响起碇司令的声音：“你想干什么？战斗已经结束了，摧毁使徒的核心！”
然而碇真嗣却摇了摇头：“摧毁？你们不是本来就需要我吞噬掉这东西吗？既然如此，现在又何必要阻止我？”
说话之间初号机就像是伊甸园之中啃食苹果的人类先祖那般，将火红色的s2机关吞进了自己的口中。
而随着使徒的核心进入到初号机的体内，源自使徒的力量开始在初号机体内横冲直撞。这本身就是一个拥有侵蚀性质的使徒。此时吃到体内就好像是将带有污染的菌群吃到了体内一般 正常情况下，初号机也会被使徒连带着污染。然而强大的at力场在初号机的体内爆发，毫无悬念的将使徒镇压抹杀，随后彻底将s2机关融合成为了初号机真正的能量来源，而刚刚的倒计时也永远停在了两分五十八秒，拥有无限能源的初号机，已经再也不需要担心没电的问题了。
咔咔啦啦！碇真嗣毫不顾忌的释放着自己的力量，初号机的肌肉在他的操控之下膨胀起来，随着这个过程，覆盖在初号机表面的约束装甲开始碎裂，约束着初号机的力量的装甲，此时已经失去作用，机体恢复到了原本真正该拥有的力量。
而在这种状态之下，碇真嗣再次转头面对总部的大金字塔，随后缓缓的朝着大金字塔的方向走去，速度不快，就像是之前面对三号机时候那样，但看着屏幕之中越来越近，越来越大的初号机，总部之中的所有人都忍不住吞了口口水，这一幕的压迫感实在是太强了，初号机带给他们的压力比起使徒还要更加巨大。
“停下！你在做什么！”赤木律子的声音在通讯频道中响起。
“我在做什么？你先问问司令在做什么吧。”碇真嗣驾驶的初号机绽放出了极其危险的气息，那是种无形的威压，是生命层次上带来的压制，在这种压制面前，身为人类的大多数人，在与初号机连接在一起的碇真嗣面前，都像是蚂蚁一般脆弱，此时宛若是遇到了天敌一般，许多人连原本的工作都忘记了，僵硬在原地一动不动。
“你问问他，为什么在我还有战斗能力的时候要启动傀儡系统？问问他傀儡系统中，为什么插入了一段额外代码，让初号机狂暴化，为什么这段额外代码里，还有摧毁插入栓的内容。
这是一场谋杀，而我需要一个说法，要么，将这场谋杀的幕后凶手交出来，绳之以法，要么，取消全球所有的傀儡系统，将所有傀儡系统永久封存。”
初号机还在朝着总部的方向走去，一时间总部之中一片沉默，有人觉得这只是小孩子在胡闹，但有人却已经开始了认真的思考。
“我忘记了，赤木律子小姐一直都是和我父亲保持着密切的联系的，所以发生在我身上的这些事情，赤木律子小姐其实早就是清楚的吧。
那么现在我要讨个说法了，不用尝试拖延时间，关于北美基地的研究我已经看过了，拥有了s2机关之后，我的机体就可以像使徒一样拥有无限能源，一直工作，只要我想，不要说是这里。总部，全世界所有nerv总部，我都能去拜访一遍，现在告诉我，你们要怎么选择。”
不同于原本历史线上，碇真嗣在遭受到傀儡系统的背叛之后，像是闹脾气的小孩子一样，疯狂的破坏金字塔，这次的碇真嗣没有对总部做出任何破坏，但带给人的压迫感却比每一次都要更加恐怖。
“胡闹够了没有？不要管他，增加lcl液体的浓度，强行收回初号机！”碇源堂虽然感觉情况已经朝着失控的方向发展，但还是极为强硬，对于初号机他已经做了不知道多少的手脚，就算没有这些，也有绝对的对驾驶员的强制措施。
碇真嗣也听到了这个命令，同时感觉到，驾驶舱中的液体开始出现了变化，他的呼吸开始变得困难起来，这种状况如果持续下去的话，就算是他现在的状态特殊，大概只需要几分钟时间就会彻底晕过去，如果不是解开基因锁的状态的话，或许几秒钟时间内就会晕过去。
“讲道理讲不通就和我讲物理？”碇真嗣站定在了原地，然后再出号机的体表一层金色的光膜浮现出来，刚好将初号机全部笼罩，随后初号机内部的变化就停止了下来。
“你们应该比我更加理解什么是at力场，什么叫做绝对领域？在这种领域之中，我可以拒绝外来的一切，可以拒绝动能打击，自然也可以拒绝你们传递来的电磁波。
只要我不同意，你们对插入栓内部的一切操作都没有意义，不信你们可以试试，试试强制弹出，试试切断连接，甚至你们可以试试。我座椅下面的那块炸弹能不能引爆？
对于这些设置，你们真的以为我完全不知道吗？将人类的终极兵器交给个人来操控，特别是这个人，还是个未成年的孩子，怎么想都知道，你们肯定会在插入栓上，增加众多的限制。
而我一直以来也都知道这一切，既然如此，你们就应该明白，在没有把握破解这一切之前，我是不会用初号机来威胁你们的。”
初号机还在继续前进，距离大金字塔已经只剩下几百米，那高大的身躯甚至直接在大金字塔的窗口就能够看到，那种末日来袭一般的压迫感，那种终极boss苏醒的压迫感，简直让总部之中的人窒息。
“反击，让零号机出击，强制收回初号机。”碇源堂依旧保持着自己的强硬，这也是他执行自己的计划所必须的。
然而他的命令很快得到了回应，零号机的驾驶员拒绝驾驶，并且零号机的傀儡系统无法对零号机进行操控。
更让碇源堂始料未及的是…
总部金字塔的最下方，最终教条区，随着电梯门在密钥的辅助下打开，绫波丽穿着作战服，独自走了进去，而她面对的，是被钉在十字架之上，体型巨大的莉莉丝。
随着凌波丽来到巨型人体旁边，灵魂中的某种力量似乎开始了与眼前的庞然大物共鸣，虽然是衰弱的被封印的状态，但本体足有四阶高级的力量即便只是泄露出一点，也对凡人世界有着无比强大的影响力。
随着这部分力量开始共鸣，零号机也开始了暴走，插入其中的傀儡系统被零号机强制弹出，随后在天上乱飞的插入栓被零号机，一把抓住，在机体巨大的力量下一把捏碎。
碇真嗣身上出现的意外碇源堂多少能有些预料，毕竟这孩子这一次变得太过坚强。似乎从灵魂本质的层面都变得更加强大了，超出预计也是有可能的。
但绫波丽本应该最听他的话的，这个时候也出意外了就意味着情况已经彻底失控，绫波丽是没有能力抵抗傀儡系统的，也没有能力靠着自己的力量就屏蔽掉基地的电磁信号，保证零号机的独立运转。
因此她并没有选择登上零号机，那样做，不管她想不想，最终都必须要和碇真嗣战斗。而现在的她选择的则是让零号机彻底失控，无法参与到战场之中。
只有eva才能对抗eva，虽然这不是一个定律，但基地的防御火力朝着初号机攻击过去，的确没有起到任何作用，六边形的光芒顶在初号机的面前，将所有的攻击都拒绝在外。
在零号机无法启动，二号机的驾驶员被他们亲自坑到昏迷的状况下，眼前似乎已经没有什么能阻止初号机了。
再多的火力命中，在出号机的身上，也不过是在他的身边燃放烟花，就看到初号机来到大金字塔面前，伸出手来，将金字塔的外装甲掀开，指挥大厅已经暴露出来，近距离面对初号机的那种压迫感，和远远的看着他根本不是一个概念，从金字塔上破开的缺口往外看，就能够看到巨人就站在近在咫尺的地方，窗口只够看到他头部的位置，甚至不足以看到整个头部。
所有人的心都提到了嗓子眼，碇源堂也终于无法再保持强硬了，因为初号机的手已经伸到了总部之中，而那只手距离他所在的位置只有不到一米。
别说是他现在还没有获得尼布甲尼撒之匙，除了移植了亚当胚胎之外，基本上就是凡人之躯，就算是他被转化之后，也绝对不足以抵挡初号机的抹杀。
在那只手将自己抓住的前一刻，碇源堂终于改口了：“停下，所有的傀儡系统将销毁，不会再有傀儡系统存在于这个世界上。”
“现在再提出谈判，条件就不只是傀儡系统了。”碇真嗣的动作暂停下来，但却依旧保持着随时准备攻击的姿态。
“不只是我这几台机器上的傀儡系统要彻底封存，在世界各地生产的量产机以及控制他们的傀儡系统和s2机关，都必须要销毁或封存。除此之外，我要亲眼去看死海文书的原典和人类补完计划的详细内容。”