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军事后勤课，武器粮草运输管理，武器粮草保管管理，伙头兵管理，战场伙食输送管理等
海战课：战船驾驶，天气预测，战船战阵配合，火攻战术，冲撞战术等。
军事统帅府成立：火油研究学院，研究火油军方的使用，民事使用。
军事统帅府成立：高级火炮部队，设火炮炮兵学院，研究远程，超视距远程打击。
皇帝任军事统帅府大元帅
军事统帅府同知：孙承宗，负责日常管理，大元帅不在时，履行大元帅职责。
军事副元帅两人人：黄得功，左良玉
军事统帅府军事参议六人：堵胤锡，马世英，张煌言，路振飞，吴三桂，张明振。
军事会议采取表决超过半数即可执行的议事规则。参加人员：大元帅，同知，副元帅，军事参议。皇帝有一票否决权。
经过激烈讨论，人员任命确定下来，
朱由检看了看王承恩道：“传旨吧。”
“奉天承运皇帝，召曰：
军事统帅府大元帅：朱由检
副元帅:黄得功，左良玉
军师总部总军师长：堵胤锡
兵政部尚书： 马世英
兵务部尚书：张煌言
兵械部尚书：张明振
海军部总督：路振飞
马兵部总督：吴三桂”
高级火炮部总督：李明忠
大明军队整编，等到明日武状元比武开始，7天后结束，武状元比武结束后再讨论整编事宜。
太监庞天寿，御马监大太监，原被派往两广征税，听说皇帝在南京就回来复命。
“老奴参见陛下。”
“庞伴伴，真有一个很重要的事情交由你做。不知道你知不知道柳如是这个人？”
“回陛下，柳如是听说过，很有才情，性格豪爽，是钱谦益的夫人。”
“嗯，朕计划组建大明内廷情报局，让你和柳如是一起负责此事，你可有想法？”
历史上南明末年柳如是花费三十多万两白银资助各地起义军。很有魄力。
自己穿越过来，让柳如是建立内廷情报局，可以利用各地烟花之地为据点收集朝政和地方情报。牢牢掌握第一手资料。
内廷情报局尚书：庞天寿，负责全面工作
内廷情报局侍郎：柳如是，负责情报收集，情报分析，密码本制作掌管，情报人员发展，情报组织建立。
就是让庞天寿为台面老大，实际负责人是柳如是。内廷情报局秘密组建，直接向皇帝负责。
内廷情报局下设：
情报本部
朝政密谍司，所有七品以上朝廷官员府内或衙署，要发展情报人员。
军情密谍司，所有千人以上军队，要发展情报人员。
境外密谍司：周边所有国家和势力，所有国家的所有城市，要发展情报人员和情报组织。
执法监察司，直属皇帝，负责所有情报机构内部监察，包括军师总部情报局，安全局等情报机构，发展情报人员，有皇帝授意下的执法权。
行动暗杀司，直属皇帝，对内锄奸，对外刺杀。
门派侠士司，直属皇帝，负责联络各大门派，联络江湖义士，成立大明武林盟，召开武林大会，选出大明武林盟主。门派侠士司成立精忠门，并派人参加武林大会。
内廷情报局下设：精忠门，精忠门门主龙成弼，就是崇祯皇帝朱由检化名。
精忠门会联合天下各大门派，召开武林大会，选出大明武林盟主。
内廷情报局器械装备司，负责招募顶级工匠，打造专业密谍装备。
“陛下，暗卫司首领，神剑蔡九仪觐见”
蔡九仪到南京后朱由检让他负责暗卫司事务。作为历史上方世玉和洪熙官的师傅，蔡九仪武功深不可测。
略显清瘦的蔡九仪躬身施礼：“参见陛下”