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仿照九等世官，把品级相同的合并，朱由检为金吾卫定下七等世官，并设置更高的流官：
“更往上称金吾卫都司，设正二品都指挥使、从二品都指挥同知、正三品都指挥佥事。”
“再往上称金吾卫都督府，设正一品左右都督、从一品都督同知、正二品都督佥事。”
“这六个官职作为加衔，不允许世代承袭。”
完成了官职设定，朱由检指着被他特意叫来的戚昌国和李顺祖道：
“凡是在锦衣卫和五军都督府恩荫寄禄的，以后统统改在金吾卫。”
“以后伱们的世袭锦衣卫指挥使，改为金吾卫指挥使。”
“世职仅仅代表承袭后的俸禄和最初任职的加衔，实际任职品级按实职决定。”
把世职作为加衔和实际官职分开，朱由检不愿让那些人顶着世职，就要担任相应职务。
说着，朱由检举例示范，直接任命道：
“锦衣卫南镇抚司升为南司房，由锦衣卫指挥以上负责。”
“戚昌国任从三品锦衣卫指挥同知、提督南司房，加衔从二品金吾卫都指挥同知。”
“李顺祖任正四品锦衣卫指挥佥事、协理南司房，加衔正三品金吾卫指挥使。”
戚昌国是戚继光的第三子，因为戚继光的功劳在天启元年荫袭锦衣卫指挥使，在南镇抚司任职。
朱由检追赠戚继光平海侯，又把戚继光长子戚祚国的指挥佥事世职提升为指挥使，戚昌国的世职也没取消，所以戚家现在是有两个世袭指挥使。
他感觉自己对戚家的奖励已经不少，戚昌国对自己应该有点忠心，能够用心做事。
李顺祖前一段时间也被他派到南镇抚司挂职，应该对南镇抚司的事情有些熟悉。
这两人都受过朱由检的恩惠，闻言就要领命，郑士毅却提醒道：
“陛下，锦衣卫是卫所军职，当由兵部任命。”
“按照惯例，兵部从指挥中推选将才授予掌印、佥书差遣，以掌锦衣卫事，并五年一次军政考选以定升黜。”
“陛下设立南司房、直接任命指挥，并不符合惯例。”
《万历野获编》：
【宰相世赏金吾】锦衣为右列雄俊第一，然必以赏功、世及，非大帅即元枢，未有及辅臣者。……
【文士论兵】……俱正位司马，延世金吾，顿令措大吐气。
【世锦衣掌卫印】盖是时公卿大臣，尚视金吾为粗官，冑子自爱，亦不慕羡缇骑之长。自万历初，始用楚人刘守有掌卫印……
自是世家子孙，求绾卫篆，如登碧落，兼领铜山，曰讲、曰攘、曰抢，以至明攻暗击，蔑人闺门。
《明熹宗实录》：
天启六年正月：命锦衣卫张元孙、李嗣焘、郑士毅、于日昇俱著堂上佥书管事。
天启七年二月：遣兵部尚书邵辅忠护送桂王，兵部侍郎赵绂、都督郑士毅护送瑞王，兵部侍郎吕纯如、都指挥张元孙护送惠王。
《崇祯长编》：
天启七年十一月丁丑：
命郑士毅掌锦衣卫事，提督东司房官旗。
崇祯元年十月：
戊申：刑科给事中杨文昌疏纠锦衣卫掌卫事左都督郑士毅、西司房提督指挥使于日升为田尔耕遗党，表里为奸。下部看议。
壬申，兵部议覆科臣杨文昌纠锦衣卫掌印郑士毅、提督西司房于日升各革任回卫，掌刑百户王崇化下法司问，刘大全革职。
（郑士毅是历史上田尔耕之后的锦衣卫掌印）