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大军西征最大的难点就是后勤，准备好了充足的后勤物资和补给路线，就没有什么顾虑了。十五万大军正式出发，前军八万人，由最精锐的的部分组成，最初建军时一千京营教官有八百人在这支前军中，后军七万人，押运后勤物资，也随时可以转变成战兵。
陕西到新疆2100多公里，为了避免消耗太多体力保持战斗力，行军速度并不快，路上就走了将近三个月，这么大的动作当然隐瞒不了消息，阿敏和多尔衮等人在叶尔羌汗国进行了全境极限动员，拼凑出了八万人马准备应战，其他百姓也被强征保障后勤工作。不过辽东战败，失去了全部工匠，武器装备数量和质量都大降。
这支陕西兵虽然大部分没有经历过实战，不过这些年各军镇都有经验交流互相进行实战演习，经历过模拟战场的经验，龙象般若功也都已经达到了第三层，对付的又只是实力大降的后金军团足够了。作战办法还是实力碾压，火药、铳炮弹丸经过计算，携带的足够灭阿敏大军三四遍的量，用厚纸卷成的火箭还可以现场制作，三弓床弩携带了三台，各种远中近程打击武器齐备，就是担心找不到敌军主力。
不过这个也容易解决，宣传战争目的只是来追剿后金余孽，要剿灭阿敏等在逃建虏头目和与之勾结的穆罕默德，之前被他们联手灭掉的阿卜杜拉残余旧部主动联络明军充当了带路党报仇，摸清了阿敏等人主力位置以后，采用声东击西的办法，假装袭击叶尔羌汗国首都莎车，半路突然转变方向咬往了敌军主力，前后作战半个月击溃了阿敏大军主力，又经过了三个月的追剿，最终活捉了阿敏，击杀了阿济格、多尔衮、多铎和穆罕默德。
大军出发之前就有过交代，对于这些后金余孽本来就不要求全部捉拿，之前审问皇太极等人时也早就搜集过阿敏等人的罪行，就把阿敏先进行关押，崇祯和内阁从京城派遣官员组成了专案组前赴“新疆”地区，就地审判审明罪状后处决。
之后宣化司大肆开动，资料早就准备好了，唐朝的安西都护府在与长安断绝联络，孤立无援的情况下还坚持了半个世纪，最后沦陷时每一个据点最年轻的士兵都已经年过六十，还有张义潮收复河西的坚守两百年的旧事。之后就决定正式开发西域，第一批当然就是西征十五万大军的家属，留守的五万大军也一起去，加起来超过二百二十万人。
陕西的饥荒还没有过去，还是老办法，继续招兵，这次派出的是京营的国子监军校培养出来的新秀，历史上出自通卫营的孙应元和黄得功，还是六百万两银子，招募十万兵力赈济相关一百万人，这些就是以后陕西的驻军了，估计等这一批兵练成，饥荒就差不过渡过了，历史上饥荒是1645年左右才逐渐衰退的。
这些人大部分都是陕西灾民出身，新疆有不少绿洲农业，现代都是农业大省。棉花、甜菜、小麦，还有哈密瓜、葡萄等瓜果也大大有名，正好让他们移民过去进行开发。当然行政区域上不会再用“新疆”这种不伦不类，还留有隐患的名称，而使用唐代时的旧称，安西、北庭分治南北。
其他地方卫所制已经废除，卫所籍等同民籍，即便战时状态结束也没有恢复，不过安西和北庭决定恢复卫所制，各驻十万大军，及其家属，采用“生产建设兵团”的制度。至于行政官员，新科举早就已经走上正轨，对于赴安西和北庭任职的官员的升迁品级和俸禄给予一些“优惠”有大把的人愿意去。
西征战役之后，最后的一场大战了结，战时状态结束。至此，明朝社会完全进入了和平发展的阶段，就连崇祯本人处理的事情也大为减少了。沈飞则基本于处旁边的状态，就是和完颜萍一起教一下何铁手、阿九和郑成功三个亲传弟子，提议崇祯组建医学院，把自己的医学经验整理成著作交给医学院一起研究，不再是简单的师徒传承，一起改进几个丹方。
崇祯六年瘟疫爆发了以后，在沈飞的暗中引导之下，吴有性三年时间就提前总结出了致病的因素是“疬气”（病毒），和历史上没有引起重视不同，这时薄珏已经制作出了显微镜，已经可以看到“疬气”，很快被同行接受，温病学四阶段卫气营血也提前出世，不到一年就形成一支中医的流派在民间冶疫中产生了很大影响，吴有性本人当然也成了格理院翰林学士和医学院成员，还因为治疫有功得到了伯爵爵位。
显微镜出来了，望远镜当然也有突破，远超过了欧洲的水平，崇祯十二年编纂完成的《崇祯历书》刊印并且正式颁布新历，经过了之前李之藻制作地球仪的出售推广，“地球”概念在知识分子群体中已经深入人心。新历确实也有反对者，不过因为已经正式颁布，没有像历史上经过十年争论，加上之前科举里加入数学、几何等新内容，低配版望远镜也已经在民间发售，反对者也大多是以数学方法对新历法进行验算，倒是又带动起了一波新的数学几何热潮。
比较让沈飞吃惊的是开普勒和宋应星联合提出了万有引力，之前崇祯提出的机械波课题宋应星和薄珏已经取得了相当的进展，横波、纵波、波速、折射概念都已经一一提出。万有引力本来就可以通过天普勒定律结合力学原理通过数学方法推论出来，相关学科水平到了自然水到渠成，开普勒因此得晋侯爵，宋应星也晋爵为侯爵，至于薄珏，之前就因为制造出了显微镜而晋为侯爵了。
另一个大的成果就是方以智和李之藻一起创立了数学微积分，这也并不奇怪，王文素的《算学宝鉴》里就有过导数运算，整理研究中国历史数学资料多年，早已经完全掌握，加上钻研欧洲数学几何在编纂《崇祯历书》时使用发生的碰撞，到这一步微积分的问世也并不奇怪。
只是这样一来，从万有引力到微积分，牛顿的两大成果都已经易主，后人也不必为他和莱格尼兹谁是发明微积分第一人而头疼了，即便牛顿还能成为一个大科学家，他的成就也难免大损了。方以智和李之藻也各自成了伯爵和侯爵，李之藻之前因为和徐光启、李天经、伽里略、开普勒主持修编《崇祯历书》有功，完成时得封伯爵，这次也是晋爵。
这些科研成果虽然意义重大，但是和沈飞没有多大关系。沈飞在意的还是那些药方的改进。也已经取得了不小的成果，以“续命八丸”药方为基础，配以推演的“雪参玉蟾丸”、“天王保命丹”、“生生造化丹”的药方，续命疗伤的效果比原版大大增强，命名为“生生续命丹”。
原版“生生造化丹”一颗就能让中毒必死者续命三年，最多服三颗续命九年，“生生续命丹”避免了多次服用，配以其他灵药丹芳，一颗估计续命三十年不成问题，却也只能服一颗有效。
而“伏苓首乌丸”因为千年灵药只有各一株，药材有限，没有加入其他丹药配制，而是沈飞亲自出手，加入其他各种药物，像小说一样独立配制了80颗“伏苓首乌丸”，当然效果也比小说原版增加了三倍。
“生生续命丹”效果其实是偏向增加生命力续命的，疗伤只是副作用，而且用来疗伤太浪费了。为了治疗内伤，又进行减配，以“雪参玉蟾丸”、“天王保命丹”、“白云熊胆丸”和桃花岛系列药方为基础，钻研配制出加强版。沈飞让人试了试，无论多重的内伤，一颗足以痊愈，修炼内功者运功炼化药力见效极快，片刻可愈。普通人或者伤重无法运功者药力发挥慢一些，不过最多也是三天可以复原，鉴于其他药丸都是以主药命名，还是采用了“天王保命丹”名称。
而原来的改变筋骨的怪药“豹胎易筋丸”经过医学院一众高手联合研究，加入了很多中和同时也是减弱药性的药材，研究出了人人可以服用的一般有效版，不过增强筋骨的效果只有原先的三分之一，却是无副作用，命名为强筋壮骨丸。沈飞尽量避免在名称中出现主药，以免万一被其他丹药高手从中推断出配制思路。
而且强筋壮丹丸还能和天香断续胶混和使用，兼两者药效之长，不仅能治疗皮肉外伤，筋骨伤势也可以治愈，估计药力和药效已经不下于《倚天》世界里的黑玉断续膏了，这下治疗内伤和外伤的丹药都有了。
一研制出来无副作用的强筋壮丹丸沈飞就给了石敬岩一颗，而且破例传了他《九阳真经》内功和七伤拳、燃木刀法，标配云雁步和禹步。早在崇祯八年沈飞就已经把石电和吴殳师徒全收招进了江湖司，得知后来传吴殳峨嵋枪法的程真如也还在，就一起招揽，经过和普照大师与姬际可的六合枪法，流传在军中的杨家枪、马家枪、沙家竿子融合精简于一炉，又加入了《龙蛇演义》中的龙蛇枪和阴符枪，已经形成了历史上称为吴家（吴殳）枪法的终极枪法，因为已经在明军中推广，命名为“破阵枪法”。
历史上一些寿元将尽的重要人物都一一找到给了一颗生生续命丹并且分配了任务，徐弘祖就是其中之一，辽东光复以后的几年里，他已经走遍了辽东各地，直到刘兴祚最远开拓到的苦叶岛。这回转变了记述方式，是随走随记随出版，不再是像历史上那样积累三十多年的日记再一次性出版，当然这是有沿途各地方政府的配合。游遍了辽东以后，西域又纳入了版图，他又踏上了西行之路。
江湖司的基层人员已经扩编到3000人，2000人是从军中选拔，1000个是饥荒和兵祸留下的孤儿，其中女性500人。而且不是逐年扩充，而是在崇祯八年一步到位，因为修炼全真派内功修炼年限越长，功力越深，越早到位越有利，将来武功有成以后这些人打算像锦衣卫缇骑一样分驻各地。
这些基层人员传授武功的制度已成，已经不需要沈飞和完颜萍亲自主持，由安剑清出面安排。这些人修炼时间还短，《神雕》里全轮国师估计他需要二三十招才能拿下两个全真二代弟子联手，那两个二代弟子也已经到了中年，修炼二十年起步。就就算是组成阵法能联手对抗一方这个世界的一流高手也要修炼十年以上，现在还不敢放出去。
到崇祯十二年，江湖司的情报系统搜集到一件事。华山派的归二娘和孙仲君杀了几十个盗匪，这本来是江湖厮杀，起因也是他们想劫持孙仲君，不过后来后来归二娘和孙仲君又追到洪胜海家里，杀了洪胜海的一家五口，包括70岁的老娘、妻子和三个年幼的儿女，洪胜海不知所终。