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五军都督府在京有37卫，分别是留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫、留守右卫、虎贲右卫、武德卫、留守中卫、神策卫、应天卫、和阳卫、留守前卫、龙骧卫、豹韬卫、留守后卫、鹰扬卫、兴武卫、大宁中卫、大宁前卫、会州卫、富峪卫、宽河卫、神武左卫、昭陵卫、忠义左卫、忠义右卫、忠义前卫、忠义后卫、义勇中卫、义勇左卫、义勇右卫、义勇前卫、义勇后卫、武成中卫、蔚州左卫。
37卫总编制约 20万人，分驻于顺天府的良乡县、固安县、永清县、东安县、香河县、涿州以及通州辖区的武清、漷县、三河等地。五军都督府被兵部架空，兵权尽归兵部。
另外通州团练山陕兵约6000人，昌平团练河南兵约2000人，天津驻扎的团练和各地援辽兵约人，天津海防营和借调至天津的江北、江南水兵总计约7000人。
边军密云镇约人、昌平镇约人，战斗力不可小量。
卫所、团练、边军总计约28万余人马。虽然这些军队吃空饷严重，具体兵力不明，但也是一支不可小嘘的力量。
这些军队本是拱卫京城的重要力量，如今却成为朱由校的威胁。
卧榻之侧岂容他人酣睡。不将这些军队完全掌控，朱由校夜不能寐，一直焦急的等待着各地的消息。
朱由校一直等到凌晨，随着总参谋部陆续的汇报。
除了昌平、密云发生了小范围的武装冲突外，其他地方的军队，在强大的武力震慑和朱由校手令双重压力下，皇家卫队兵不血刃，全面控制顺天府各地的卫所、边军。
天津辖区的军队由天津海上巡逻队全面控制。
皇家卫队和特勤师彻底掌控京城以及顺天府地区的防务，顺天府辖区的军队全部被控制在营地，接受整肃审查。
朱由校终于松了一口气。
泰昌元年9月初2。
朱由校彻底掌控京城以及顺天府的防务，立即借着红丸案的名义，将调查范围扩大到五军都督府。
五军都督府被皇家卫队全面封锁，大批高官、勋贵被控制在五军都督府或者各自的府邸。
五军都督府起初为大都督府，由太祖皇帝朱元璋建立。
由中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府组成，是统领大明全国军队的最高军事机构。
兵部和五军都督府都听命于皇帝， 五军都督府有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。
土木之变后，五军都督府的权力很大程度上转移到了兵部。
五军都督府由大量的皇亲勋贵执掌，掌府官员尸位素餐。明代中后期五军都督府逐步失去了参政、议政权，变成受制于兵部执行命令的机构。
明朝末年，都司卫所任命官员连呈送五军都督府的步骤都直接省去，五军都督府彻底丧失了武将官员的选拔任命权。 军队操练、军事情报等无权干预，五军都督府实权削弱殆尽。
五军都督府权力的削弱和兵部权力的加重，表明明代的军事领导体制是以文制武，统一于文官的兵部。
军队应该是一个高度集中统一的武装集团，只有高度的集中统一才有较强的战斗力。统一于文官的兵部虽然不妨害皇帝的中央集权，又能增强军队战斗力。但这种领导体制并不完善，兵部对前线指挥干预过多就是其中之一。
大明朝廷分为中枢、地方、军事三部分。
明代初设中书省，有左右丞相，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部，皇帝直接统领六部，将皇帝集权发展到了高峰。
明成祖朱棣成立内阁，内阁起初只是皇帝的咨政机构。仁宗、宣宗时期，大学士均因有太子老师的恩情，得以累加至太子三孤身份，地位日益尊崇。
宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其远不如杨士奇等内阁成员，内阁的权力日益增大。世宗时期，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部，正式形成为大明的行政中枢 。
内阁辅臣一般封为太师、太傅、太保三公、少师、少傅、少保三孤或叠加中极殿大学士、建极殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士，职位崇高。人数为1人至7人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。
内阁之下设六部。
吏部吏部设正二品尚书1人，正三品左右侍郎2人，正五品郎中4人分管文选、验封、稽勋、考功四个清吏司，从五品员外郎1人，正六品主事3人，七品以下4人，共15人。
吏部为六部之首，掌管全国文官选拔、考核、爵勋评定。除内阁辅臣、吏部尚书、武官外，全国官员皆由吏部会同其他高级官员推选或自行推选。
户部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中23人、从五品员外郎3人、正六品主事24人，分管13省的13个清吏司以及宝钞提举司、广盈库、军储仓等。七品以下56人，共109人。
户部掌管全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。
礼部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中4人、从五品员外郎1人、正六品主事4人分管仪制、祀祭、主客、精膳四个清吏司以及铸印局等，七品以下5人，共17人。
礼部分掌管礼仪、祭祀、宴飨、贡举以及日常官员行为规范、礼仪礼节、公章管理、荣誉称号、庆典活动组织、庆功宴安排等事务性工作。
其中礼仪、宴飨中包含外交工作。古代汉族礼仪，以祭祀之事为吉礼，丧葬之事为凶礼，军旅之事为军礼，宾客之事为宾礼，冠婚之事为嘉礼，合称五礼。
兵部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中7人，从五品员外郎4人、正六品主事12人，分管武选、职方、车驾、武库四个清吏司以及会文馆等。七品以下7人，共33人。
兵部掌管武官选拔、考核、任命以及军制、训练、征调、镇戍、边防、仪仗、禁卫、驿传、厩牧、军械、符勘、兵籍、武学等军事行政，其堂官往往督军出征，掌管军队进退、赏罚，职权尤重。相当于21世纪的国防部。
刑部设正二品尚书1人、正三品侍郎2人、正五品郎中13人，从五品员外郎1人、正六品主事17人，分管13省13个清吏司。七品以下9人，共43人。
刑部掌管立法审定、刑狱。复核各地的刑案以及直接审理京畿地区的案件。
工部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中8人，从五品员外郎6人、正六品主事13人，分管营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司以及宝源局、军器局等，虞衡是掌官山林川泽，都水是负责水利设施修护。七品以下32人，共62人。
工部掌管全国工程事务，负责全国的桥梁、宫殿、大堤、水利等大型土木工程的营建，也管理部分开矿、冶炼。