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就在冯立与薛实、宇文宝等人，率两千精锐赶到玄武门之时，那段志玄依靠过人的臂力，竟独自关闭了大门，并将冯立等人是挡在了玄武门之外。
不过玄武门的守将云麾将军敬君弘，并未将这些东宫侍卫放在眼里，所以他毅然地站了出来，并准备出城门去迎战这些东宫侍卫。
可有部将劝说他道：“将军，现在事情并未见分晓，不如留下来观察事态的发展变化。同时也可等到兵力汇集到一起后，并组成阵列，再出玄武门迎战也不迟啊。”
可敬君弘听不进别人的劝说，并与中郎将吕世衡一起是冲出了玄武门。可惜他低估了长林军的战斗力，再与长林军厮杀了一阵后，敬君弘与他的宿卫军们是尽没在了长林军的手中。
当冯立又指挥长林军向玄武门发起进攻时，却遭到了守军们的顽强抵抗。经过一个多时辰的进攻，长林军依然没有攻破玄武门，使得冯立在老羞成怒之下，并召回大军准备进攻秦王府。
可就在冯立重新集结大军之时，侯君集则提着李建成和李元吉的首级是登上了城墙。当东宫和齐王府的人马再看到李建成和李元吉的人头时，顿时就失去了战心，并迅速地就溃散了开来。而冯立在杀了敬君弘后，便对自己的部下说道：“我等已经尽力了，也算是报答了太子殿下的恩德，从此尔等就自行散去，这天下也已经与我们无关了。”冯立在说完这番话后，是丢掉武器落荒而逃。至此，这场政变以秦王李世民的胜利而告终。
而就在政变发生的时候，李渊竟还在宫内的海池上划船。当李世民让侯君集等人入宫，并担任了警卫后，这才身披铠甲、手握长予地来到了李渊的游船上。
当李渊看到李世民那杀气腾腾的样子时，顿时是大惊地问道：“世民，你这是为何？难道宫中还有人作乱不成？”
李世民向李渊施了一礼后，并说道：“儿臣因为太子和齐王的作乱，所以才起兵诛杀了他们。儿臣担心那些叛逆会惊扰到父皇，所以特派儿臣的部下担任了宫中的警卫，还望父皇恩准。”
此时李渊的身边也有几位大臣，如裴寂、陈叔达、孔颖达、李纲、窦轨等人。当李渊听到李世民已斩杀了李建成和李元吉后，不由得是心里一痛，同时一丝不好的预感也涌上了心头。
当李渊故作镇定地询问其他几位大臣，该如何处理此事时，陈叔达与孔颖达连忙站出来说道：“太子与齐王本就平庸，而且又没有为我大唐立下什么功劳，所以他们才会嫉妒秦王的功劳与威望，并一起策划了这场叛逆的阴谋。
而现在，秦王已声讨并诛杀了他们，也更加证明了秦王功盖寰宇，天下归心。若陛下能够立秦王为太子，并将国事交与他，那么我大唐必定不会再生事端了。”
这陈叔达与孔颖达分明就是李世民的亲信，因此才会如此的帮他说话。而李渊在形势所逼之下，不得不咬牙说道：“好，就依众卿之言，立秦王李世民为我大唐太子，这也算是完成了朕的一桩心愿。”
此刻一些零星的战斗还在长安城里进行着，主要是一些太子与齐王的心腹还没有死心。而侯君集则恳请李渊颁布亲笔敕令，并命令各军一律接受秦王的处置，唯有这样才能平息长安城里的内乱。
而李渊在众多武将的注视之下，不得不亲笔颁下了敕令来。当李世民将敕令交给了天策府司马长孙无忌时，长孙无忌立刻从东阁门出来并宣布了李渊的敕令。而敕令一经宣布，城内的乱象也随之是平息了下来。
同时李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，而诸将士们也大都弃职而散。当李渊再次召李世民来到近前时，并抚慰地对他说道：“近些日子以来，朕几乎产生了投杼的疑惑，所以朝中的大事你应多担待一些才是。”
李世民在听完这番话后，是跪地号啕大哭了起来。没过几日，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义。李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残忍杀害，并且还在宗室的名册上删除了他们的名字。
同时原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，后来成为李世民的后宫组成部分，其中较著名的是原李元吉的妻子杨氏，李元吉死后则被李世民纳为了妾室，虽然没有正式的封号，但宫中的人则称呼她为了“巢剌王妃”，并且也是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。
这也是李世民为部分学者所诟病的原因，认为他霸占弟媳，有悖伦常。不过也有学者认为李唐皇室本就有北方少数民族的血统，较中原汉族更为开放，兄纳弟媳很正常，因为在他们的思想中乱伦的概念较为淡薄。
就在李建成与李元吉双双被诛杀以后，秦王府里的诸将领们，也准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产也全部没收于官府。不过侯君集则提出了反对的意见，并再三争辩道：“罪孽都是那两位元凶所犯，而他们也已经伏诛，若是还要牵连他们的党羽，这可就不是谋求安定的做法了！”诸将领们在听了侯君集的话后，也认为他说的有理，于是诸将领们这才停止了追杀。
当日，李渊又再次颁下诏书并大赦天下，凡叛逆的罪名只加在了李建成和李元吉二人的头上。对于其他的党羽，则一概不再追究。同时僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理，而朝堂的各项事务，也任凭秦王处置。
武德十年(627年)二月，李渊立秦王李世民为了皇太子，后又颁布诏书道：“从今日起，军队与朝政等各项事务，无论大小，全都委托于太子处理和决定，然后再上报给朕即可。”