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蜀王谋反这么大的事情，作为五省总督兼川蜀巡抚的朱燮元不可能不知道。
而且，血衣贼的事情，本来秦良玉受到朱燮元前往剿灭的指令，但随后就没有了音信。
仿佛朱燮元对这件事并不在乎一样。
这段时间，朱燮元没有任何表示。
事实上，在当初朱燮元上报血衣贼的事情之后不久, 他就收到了朱由检的圣旨。
“全力准备平定奢安乱党，其它事情不须管。”
很简单的一句话，也就是因为这道圣旨，无论是听到血衣贼，蜀王军，还是蜀王被抄家的事情，他都没有管。
新帝登基后, 先灭阉党, 后平草原，又灭女真大军，在朱燮元眼中，这个皇帝很有作为，一切安排都有着自己的考量，他要做的就是配合好。
于是他便作壁上观，只是紧盯奢崇明和安邦彦乱党的动向。
如今这两个土司已经再次积蓄出了一定数量的军队，而且联合在一起，想要平定，恐怕需要付出不小的代价。
皇帝关注这件事，他需要更加仔细地安排。
崇祯二年三月初七，一支人数在两万人左右的军队进入了成都府境内，跟随在队伍后面的，还有三千多人的工匠商户。
“……组建西南军机处，直属于皇帝管辖，设军机大臣，位列二品武职。
第一届西南军机大臣有朱燮元，孙应元, 秦良玉，孙传庭，满桂五人，共同参务陕甘，川蜀，朵甘都司，乌思藏都司，云南，贵州，广西以及其它西南地区军政。”
西南军机处是一个没有固定办公场所的官署，它只是规定了五个人的权限，表示他们可以统筹西南地区所有的军务，并且有着直接上奏皇帝，并且接受皇帝指派军事指令的权力和义务。
目前来说，孙传庭和满桂还不能和其它三人进行紧密的联系，他们两个如今主要的战略部署在甘肃和西北草原，所以暂时只是挂名。
西南军机处指的并不是仅仅“西南地区”，而是西部地区和南部地区，战略范围非常广大, 定位的是对整个西亚和南亚地区的经略。
孙应元带着两万勇卫营步兵团士卒翻山越岭, 来到了成都府，将这一道旨意告知了秦良玉，而随后，朱燮元也来到了成都府，三位亲封的二品军机大臣完成了会晤。
原成都知府衙门，现临时军机衙门之中，三人围在一张巨大的地区前。
孙应元手指在地图上划了一个圈，然后说道：“奢安之乱，不足为虑，今年秋收之前，将其覆灭。之后的事情，才是紧要的。陛下的旨意是，让我们在两年之内，彻底完成对川蜀，云贵地区的改土归流，废除土司，建设真正的官府衙门，真正做到平定叛乱。”
朱燮元当即反驳道：“本官在西南地区为官多年，对这些土司颇为熟悉，改土归流推行起来，只怕是难如登天，那些土司，一个个都是极为难缠，稍有不慎，就会再次引发新的叛乱，这件事还需要从长计议。”
秦良玉本身就是石柱土司，此时听到孙应元如此不避讳地说要彻底消灭土司，也是忍不住皱了皱眉头。
孙应元看向秦良玉，问道：“忠勇伯，陛下对我说，整个西南地区，唯一可以相信的土司只有您一人，整个西南，也只有石柱土司秦家是忠于朝廷的。朝廷不需要阳奉阴违的土司，所有的百姓都是大明的百姓，朝廷要一视同仁，就不能有土司这样的长官司存在。”
“石柱土司愿意配合朝廷改土归流！”秦良玉闻言直接回道。
孙应元的这段话很明显就是在让她表明态度，而皇帝的信任，也是让她非常的感动。
一个女人坐上军机大臣这样的高位，这在古代是从未有之的存在，就算是武后临朝的时候，也没有出现过。
皇帝都给出了这样的条件，她若是还不能全力支持，那恐怕之后的下场不会很好。
“本官也知道改土归流对朝廷来说百利无一害，然而这并不是短时间之内可以完成的事情，一旦操之过急，恐怕遍地烽火！”朱燮元仍然反对说道。
孙应元却是笑了，问道：“忠定伯以为，陛下设立军机处的目的是什么？”
朱燮元闻言愣了一下，那边的孙应元却是面色冷冽地说道：“谁冒头，就灭了它！宁远西南地区成为一片黄武人烟之地，也不允许野狼在此繁衍生息！
平定土司只是陛下远大计划之中的一环而已，这里不能做到完全归顺，那么朝廷就无法以此为跳板向更南方去开疆拓土，所以，土司，必须要消灭，一个不留！”
“这，你！？”朱燮元已经说不出话来了，毕竟饱受儒家思想教导的他，如何能够接受这么霸道而冷血的决策。
孙应元再次笑了出来，道：“忠定伯不必如此惊恐，陛下也不是要杀掉所有人，其实陛下还是希望可以争取更多人活下来，成为建设大明的一份子的。
土司的形成，有着地理环境和经济发展不均衡方面的原因，故而陛下给我们的另外一个任务就是要把云贵，川蜀地区的道路，桥梁建设好，让这些地区不再独立于大明而存在。
道路修好了，外界的财富涌入这些地区，人们生活幸福了，自然就不会再形成叛乱，而只要看到其中的好处，想必很多人会主动加入改土归流的队伍之中来。
蜀王府以及查抄的川蜀地区贪官和顽固的土司叛党的财富，陛下全部都会用于西南地区的建设，而且，本次我还带来了三千多各行各业的匠人和商人，他们会快速利用这些财富帮助我们进行建设。”
“陛下已经有了安排，我等自然应当支持。孙将军，接下来该怎么做，我们来商量一下吧！”秦良玉说道。
阶段性的任务是很明显的，就是要平定奢安之乱。
但这件事，说重要也重要，但却并不需要牵扯太多的精力，因为要消灭他们并不是一件困难的事情，只是需要一段时间来实施战略而已。
真正需要及早开始部署的，反倒是为西南战略进行打好基础。
基础设施建设是重中之重，修路是头等大事，也是一件难事。